对颅底脊索瘤的治疗包括临床和影像学观察、活检+观察、活检+放疗、手术切除、手术+放疗。除此之外，也可进行化疗。由于这类肿瘤主要位于硬膜外，标准的立体定向活检技术无法开展，活检通常经由鼻或口完成。
1.手术
手术是脊索瘤的主要治疗方式。手术可以明确病理诊断，对重要结构减压而改善神经功能，延长肿瘤复发时间和患者的生存期，为术后放疗优化空间关系和肿瘤的几何形状。
手术切除的目标可能有所不同：肿瘤整块切除，分块肿瘤根治性切除，或大部切除以进行重要神经结构减压或改善肿瘤几何形状以利于术后放疗。由神经外科、头颈外科、放射肿瘤学医生组成的多学科治疗团队应制定一个全面的治疗计划，以最大限度地控制肿瘤和提高患者的生存率，同时降低医源性并发症的风险。
手术团队应该具有丰富的颅底手术经验，能够熟练完成显微镜和颅底内镜手术操作，而具备术中超声、导航和神经监测辅助能够提高手术的安全性。
广泛的肿瘤切除和高剂量放射治疗对肿瘤控制和病人生存期具有重要价值[24-26]。手术切除应该以最大限度切除肿瘤、同时保护神经功能和生活质量为目的。在美国癌症联合委员会/国际抗癌联盟(AJCC/UICC)对残留肿瘤分级的基础上，脊索瘤全球共识会议提出了脊索瘤切除边缘的三级标准：R0，显微镜下见≥1mm的瘤周组织内无肿瘤；R1，仅显微镜下见瘤周1mm范围内有肿瘤残留，但肉眼无肿瘤残留；R2，肉眼可见术区内肿瘤残留或肿瘤超出术区范围[11]。整块的R0级切除作为首先推荐方式，其预期5年无复发生存率50%；但达到R0级切除往往难度极大。当R0级切除难以实现时，R1级切除应该是所有病人手术切除的目标。对于术后早期MRI发现的位于易手术切除部位的残留肿瘤，是否进行再次手术仍有争议。
手术方法的选择应该适合每个病人个体化的治疗目标。手术方法的选择还应该考虑到肿瘤大小、起源部位、生长方向、与颅神经和动脉的关系、肿瘤侵犯范围、患者健康状况、医生对不同手术方法的熟悉程度和以前的治疗情况。
手术入路可以分为四类：前方、前外侧、外侧和后外侧(表1)；大多数脊索瘤主要位于硬膜外，通常首选硬膜外入路[27]；为了获得满意的肿瘤暴露，尤其对巨大肿瘤，可能需要多种入路联合[15,27]。随着颅底内镜技术的发展，内镜经鼻蝶或经口手术已成为颅底脊索瘤切除的最主要手术入路[16,28,29]。
表1颅底脊索瘤切除的常用手术入路
脊索瘤通常有两种混合成分：膨胀骨皮质或硬膜包裹的柔软的胶冻状成份，侵犯硬膜或颅外软组织的坚韧成份。胶冻状部分通过吸引、轻柔的分离和搔刮很容易切除，通常增厚的蛛网膜可以保护颅神经、脑干和血管；但如果是再手术时，由于这种保护屏障已被破坏，肿瘤可能会包裹颅神经、生长到脑干动脉和软脑膜之间；过分激进的切除可能造成颅神经损伤、穿支动脉损伤导致脑干梗塞等。坚韧的肿瘤成份需要更多的锐性分离；其与周围软组织间的界面往往模糊不清；在可能的情况下，可能受侵的硬脑膜和颅外软组织需要切除。
硬脑膜和硬膜内肿瘤切除后，术区边缘残留的受侵颅骨应该扩大切除。由此而导致的硬膜和颅骨巨大瘘口必须修复，以防止脑脊液漏。原则上硬膜缺损应尽量用自体筋膜或硬膜补片严密缝合；如果无法缝合，硬膜缺损应该用补片封堵，并且补片应该放置到硬膜边；然后用筋膜或硬膜补片覆盖修补的硬膜，并将硬的支撑物（薄骨片、聚乙烯乙二醇板）放在骨缺损的内缘以紧紧地托住修补材料；然后再覆盖组织粘合剂、脂肪、富含血管的软组织如鼻腔粘膜、咽部肌肉、骨膜或颞肌筋膜肌肉。”Gasket-seal”技术是有效的内镜手术后颅底修复方法[30]。对于较大的且修复不佳的的缺损，需要脑室穿刺或腰大池引流脑脊液。对于钛网颅底重建，因其可能对术后放疗产生影响，术前应该充分评估。如采用钛网进行颅底重建，在肿瘤复发后可能使切除更加困难，故内镜下中线入路切除后一般采用自体材料或可吸收材料进行重建。
在颅颈交界区，肿瘤侵蚀和手术切除受累骨质可能导致不稳定，需要进行融合。由于多数病人需要进行的放疗会延缓骨融合，往往需要器械融合。
2.放疗
几乎所有脊索瘤都无法通过手术完全切除，术后推荐辅助放疗。对于无法手术的活检病例，术后放疗作为推荐治疗方式。
放疗前应复查MRI\CT充分评估肿瘤的侵犯和扩展情况。还需要进行一系列基线检查，包括脑神经功能、视力、视野、听力及垂体功能检查，以评估放疗可能导致的不良反应。
不完全切除后通常伴随肿瘤再生长，高剂量的照射可以延迟或防止这种复发[31]。放疗效果是高度剂量依赖的，55-70Gy能得到满意效果；45-60Gy放疗的无进展生存率和总生存率较差[32,33]。颅底脊索瘤的最佳放射剂量尚不明确：报道称，传统放疗的脊索瘤复发率为50-%[31]；接受66-83CGE混合光子-质子束放疗后，脊索瘤5年、10年的局部无复发生存率分别为64％和42％[34]。
现在的目标是以高度适形的方式进行剂量投射，以避免临近的放射敏感组织受照超过其耐受剂量。例如，在55～60CGE排除视神经/视交叉可保护视力[35]，在50CGE排除垂体可以防止内分泌病变[36]。常用的技术包括：质子束、调强放疗和立体定向放射外科。
由于质子穿越组织产生能量沉积的布拉格峰效应，使得质子束照射能够达到很高的适形性。质子穿越组织产生的能量沉积具有较低的入口剂量（其峰值深度可调节），而没有出口剂量[37]；这使得高剂量肿瘤照射和周边迅速衰减的治疗计划得以实现。这种高度适形性对颅底的脊索瘤等不规则形状的肿瘤很重要。在一项研究中，90％的脊索瘤患者接受65-79CGE单纯质子束治疗：5年的局部控制率为59％、总生存率为79％[38]。除了质子外的其他粒子，如氦、氖、碳和中子，也被用于治疗脊索瘤[39,40]。一系列报道表明，粒子治疗较传统放疗能获得更好地局部控制和生存率[41-43]。
调强放疗通过调节照射剂量强度以适应肿瘤形状的方式到达相同的效果。通过详细的三维CT成像和计算机化剂量计算制定治疗计划。几个不同照射方向的强度调制场的组合产生一个合适的放射剂量，以达到最大限度地提高肿瘤照射剂量的同时、尽量减少邻近正常组织辐射暴露。
立体定向放射外科将来自于直线加速器（LINAC或射波刀）的高剂量X射线或来自于多个钴源（伽玛刀）的伽玛射线投射到肿瘤，来自多个方向的低强度的射线在肿瘤内相交，在高剂量肿瘤照射的同时保护周围组织。其精确性使得与重要结构非常接近（2-3mm）的肿瘤也能够进行治疗[44]。鉴于照射区内损伤风险增加，立体定向放射外科通常限定肿瘤体积小于10ml。尤其对于难以切除的复发的脊索瘤，立体定向放射外科可能更加有效。
上述三种治疗方式都有损伤临近神经导致功能障碍的风险，如迟发性视觉损伤、垂体功能低下和听力丧失；使用低剂量射线可能会避免此类损伤。使用辐射增敏剂如雷佐生，也可能改善风险收益比[45]。
组织间近距离治疗采用了不同的策略，需要在肿瘤内或沿肿瘤切缘永久性放置如I等放射性粒子，金箔植入物用来屏蔽脑干等重要结构。I的半衰期为60.2天，几乎所有的剂量在4个半衰期内递送，边缘剂量通常为至少50Gy。理论上，持续低剂量照射能够作用于更多在细胞周期中由放疗抵抗转化为放疗敏感的细胞。此外，低剂量能够允许正常组织修复由亚致死剂量辐射导致的损伤。
3.化疗
治疗改善了脊索瘤的局部控制后，有效的治疗转移性病变就越来越重要。大约30-40％的脊索瘤患者会出现转移[46]，最常转移到肺、肝、骨[47]。对手术无法切除、放疗后局部复发和转移性肿瘤，可以考虑化疗。从既往经验来看，化疗效果不佳；而且尚无任何药物获准用于复发进展后的脊索瘤，目前临床使用的药物多为试验阶段或尝试性使用；如伊马替尼可能会使疗效有所改善[48]。。NCCN推荐的药物包括：伊马替尼、顺铂、雷帕霉素、厄洛替尼和舒尼替尼等，对于表皮生长因子阳性地脊索瘤可应用拉帕替尼。